Veritabanı ayrı bir uygulama değil de Access ya da SQLite gibi dosya tabanlı bir veritabanı ise farklı bir sisteme kurulurken ilgili driverlar yüklendiği ve doğru yapılandırıldığı sürece sorun çıkarmaması lazım.
Dotnet'in eski sürümlerin clickonce diye kendi dahili installer yapma sistemi vardı ama şu an güncel ne tercih ediliyor bilmiyorum. Temel olarak release olarak build alınacak çıktıyı installer haline getirecek bir yazılım lazım. Şu an bu iş için ne kullanılıyor bir fikrim yok. MSIX Packaging Tool diye bir şey var ama daha önce hiç kullanmadım.