MSI GTX 980'in iki fanı için ayrı kontrolörü var, bu sebepten MSI Afterburner sadece bir fanı kontrol edebiliyor. Afterburner'in yazarı böyle kalacağını söylüyor. Diğer fanı kontrol etmek istiyorsanız, MSI Gaming APP gibi başka bir yazılımı kullanmalısınız. GTX 970'te ise Afterburner her iki fanı da kontrol edebiliyor çünkü iki fan için tek kontrolörü var.