1) Tam hatırlamıyorum ama ayrı yere de kuruluyordu galiba. Kurulum talimatına göre kur sorun olmaz.
2) Fotoğrafta soldaki kısımdaki çakışmalar script/text değil mesh yani 3d model dosyaları. Zaten en üstte non-text - not mergeable yazıyor, yani yazı-olmayan - birleştirilebilir değil diyor. Onları birleştiremiyorsun zaten mantıksal olarak, sadece orada görünüyor bilgi amaçlı. Sağdaki kısımda da xml dosyaları birleştirilmiş, onları yanlış birleştirsen de hata vermez oyun büyük ihtimalle, sadece yaptığın değişiklik uygulanmaz o kadar.
3) Hayır onlara bir şey yapmana gerek yok, kalsın orada.
Bu A, B, C mantığı da şu şekilde; misal A yazan tabloda oyunun orijinal kendi kodlarını gösteriyor, B ve C'de ise çakışan iki modun kodlarını gösteriyor. Hangi modun özelliğinin aktif olmasını istiyorsan o moddaki kodu seçip öncelik vermiş oluyorsun.