İkisi çok farklı şeyler. Animus, atalarının bilgilerine ulaşmak için, kişinin genlerinden yararlanan bir sistem. Matrix ise insan tarlalarında bulunan, bir nevi pil görevi gören insanların zihinsel aktivitelerini düzende tutabilmek adına geliştirilmiş gerçek zamanlı bir sanal dünya.