Kurarsın. Zaten çoğunlukla Linux dağıtımı kuruluyor. VDS'e SSH ile komut satırından ulaşıyorsun. Grafik arabirimi varsa(Ubuntu) VNC veya RDP ile bağlantı sağlanıyor ama VDS gibi kıstılı bir sisteme niye grafik arabirimden ulaşılır, orası değişik.
Çoğu VDS satan firmaların kendi yönetici paneli...