Flatpak sebebiyle yasiyorsun problemi. apt kullanarak yükle yada deb paket yükle.
Flatpak güvenlik için farklı env table kullaniyor. Sandbox aliyor.
Haliyle path'i yanlış görüyor. Ya flatpak path'e de ekleyeceksin dotnet'i, ki sandbox kavramına aykırı, ya dotneti flatpak olarak yukleyeceksin...