Son kullanma tarihi geçmiş, bayatlamış bir tarayıcı kullanıyorsanız, Mercedes kullanmak yerine tosbağaya binmek gibi... Web sitelerini düzgün görüntüleyemiyorsanız eh, bi' zahmet tarayıcınızı güncelleyiniz. Modern Web standartlarını karşılayan bir tarayıcı alternatifine göz atın.
GIF zaten alfa kanalına sahiptir, transparan GIF diye ayrı bir dosya yok diye biliyorum.
Ayrıca söylendiği gibi desteklediği renkler oldukça azdır. APNG'ye bakabilirsiniz. WebP formatının da animasyon desteği var ya da gelecek sanırım.