Kendi WhatsApp uygulamanızı klonlayarak yapabilirsiniz. Ama bu durumda ana WhatsApp uygulamanız devre dışı kalacaktır.
Sanırım en mantıklı çözüm, mesajlarınızın yedeğini alıp WhatsApp klasörünü silinmeyecek bir yere taşımanız. Ardından WhatsApp uygulamasını kaldırıp, eski yedeklemeyi...