systemctl stop packagekit (Olmazsa başına sudo koyarak deneyin.) komutu packagekitd servisini durduruyor böylece APT'yi kullanabiliyorsunuz, packagekitd yanlış hatırlamıyorsam sistem açıldıktan sonra güncelleme denetlemelerini hallediyor dolayısıyla sistem açıldıktan sonra bir süre başka...