Olmaz, neden olsun? SSD'ye kurduğun uygulama ve oyunlar SSD'nin hızında, HDD'ye attığın şeyler ise HDD'nin hızında çalışır. Birbirlerine etki etmezler.
Hiç bir sorun olmaz. Yedek disk olarak kullanabilirsiniz. Yeni nesil oyunları yüklememeye bakın ama. Çok yavaş açılırlar ve performans kaybı yaşatır. İşletim sisteminiz de SSD'de olsun. Bende 4 farklı disk takılı hepsini rahatlıkla kullanıyorum bir arada.