Export kısmında dosya tipi Quicktime, Video output RGB+Alpha, yılların en lanet işlemi.
Sonra onu GIF yapabilirsin başka bir dönüştürücüde.
Veya exportta PNG/TIFF gibi alpha destekleyen bir şekilde image sequence olarak alıp başka bir yerde birleştirebilirsin, ya da AE'de birleştirip gene qtime muhabbeti yapacaksın.