Elle silebilirsiniz.
File > Preferences > Sketchbook location kısmından (Türkçe kullanıyorsanız Dosya > Tercihler > Taslak konumu gibi bir şey olmalı) Arduino klasörünü açıp onun içindeki libraries altında kurulu bütün kütüphaneleri görebilirsiniz. Silmek istediğiniz kütüphaneniyi bulup klasör olarak silerseniz sorun kalmaz.