Her ikisi ile de API projeleri geliştirdim.
C# da projeyi yönetmek daha kolay geliyor bana. Özellikle Attribute kullanımı. Java da da annotation kullanımı var ama Attiribute kadar kolay gelmedi açıkçası.
Java da bir projeyi gerçekleştirmek, C# projesine göre daha kolay geliyor.
ORM olarak Hibernate vs EntityFramework olarak düşünürsek, ben Hibernate den yana oyumu kullanıyorum. Sadece method adları vererek basit işlemleri gerçekleştirebiliyorsunuz. Ama EntityFramework seni daha az sıkboğaz ediyor. Özellikle C# dilindeki Linq kullanımı ile SQL kodları yazabiliyorsunuz. Hibernate de method üzerine sql kodları yazılabiliyor. Ama bu konuda bence C# daha profesyonel.
Her ne kadar Core yayınlansa da bence C# kullanırken her zaman Windows platformuna bağımlıyız.
Hız ve performans bakımından hiç bilgim yok.
Geliştirdiğim projeler basit projeler olduğundan dolayı pek detaylı karşılaştırma bilmiyorum. Kendimce karşılaştırma yaptım.
Ayrıca bence projene bağlı olarak Node.js de kullanmayı düşünebilirsin.
Hem Java hem de C# da API projeleri gerçekleştiren biri olarak, Node.js öneririm.