Ben de pek anlayamdım. Tamamen Linux'a mı geçmek istiyorsunuz yoksa Dual-Boot ile hem Windows hem de Linux kullanabilmek mi? Bunda bir karar kılmalısınız öncelikle.
Şu cümleden Windows programlarını olduğu gibi Linux üzerinde de kullanmayı planladığı anlaşılıyor. Böyle bir şey mümkün değil. Diskte ayrı bir bölüm açıp işletim sistemini oraya kurmanız gerek. Sonra ihtiyacınız olan programları da paket yöneticisinden kurabilirsiniz.
Ben kurulum esnasında otomatik bölümlendirme yapmanızı öneriyorum.