Benim şahsi tavsiyem yedekleme olarak harici bir disk bulunmuyorsa elinizde sisteminiz içinde bir yedek bölüm açıp verilerinizi yedekleyip, sistemin kurulu olduğu bölümü önce silip sonra tekrar oluşturup daha sonrada biçimlendirme yapmalısınız. Daha sonra işletim sistemi kurulduğunda hemen 1-2 tane virüs programı yükleyip yedek bölümünüze hiç girmeden taratmalısınız.
Harici bir diskiniz varsa bütün yedeğinizi ona çekip komple bütün depolama birimlerini silip, yeniden oluşturup, biçimlendirmenizi tavsiye ederim. Asıl temiz kurulum böyle oluyor zaten. Daha sonrasında sisteminizi tamamen hazır hale getirdikten sonra harici diskinizi güzelce tarayıp onuda arındırdıktan sonra yedek dosyalarınızı bilgisayarınıza çekebilirsiniz.
Benim "temiz kurulum" anlayışım budur açıkçası.