Gördüğüm kadarıyla sisteminiz oldukça eski. Ses devresini oluşturan elektronik elemanlar ömrünü tamamlamış olabilir. (Capasitor vs.)
TRS 3.5mm jack soketinizde de zamanla aşınma olabilir. Tip/ring/sleeve hatlarından birisi temiz sinyal alamıyorsa da bu durumla karşılaşabilirsiniz.
Usb dac/amp alıp yola devam edebilirsiniz. Büyük ihtimal devre bileşenlerinden dolayı diye tahmin ediyorum.