Bizim adamımız Booker savaşa katılıyor (Wounded Knee mi neydi), yaptıklarından büyük pişmanlık duyuyor. Vaftiz olmanın belki bir çözüm olabileceğini düşünerek pederin birinin peşine düşüyor. Orada vaftiz ediliyor ve yeni bir adam olarak tekrar doğuyor, adını değiştiriyor Comstock'a. Ardından kendisini büyük bir din adamı peygamber olarak tanıtarak, isim yaparak ünü yayılmaya başlıyor. Aşırı faşist başlıyor bu arada. Beyaz ırkın tek ırk olduğunu, Amerika'nın tek devlet olduğunu savunuyor paso. En sonunda dişi Lutece ile tanışıyorlar (ikizlerden biri). Uçan şehri tasarlıyor bu Lutece, Amerika hükümetininde yardımıyla. Çin ile olan bir bozuşma sırasında Comstock, Çin'e ateş emri veriyor. Hükümette anlıyor ki uçan şehir büyük bir savaş gemisinden başka birşey değil bu sebeple hain ilan ediyorlar. Comstock kendi şehrine gerçek Amerika diyerek bulutlar arasında kayboluyor. Ardından zaman ve farklı evrenler arasında kapı açma teknolojisine de erişiyor Lutece sağolsun. Bu deneylerden birinde Lutece ikiz kardeşi ile tanışıyor işte, erkek Lutece. Aslında ikisi aynı kişi sadece farklı evrenlerde biri erkek biri kız olarak doğmuş. Comstock bu kapılardan geçerek geleceği görmeye başlıyor. Şehire gelişmiş teknolojiler geliyor haliyle. İnsanlarda Comstock'u daha fazla gerçek peygamber olarak görmeye başlıyorlar. Fakat bu kapılardan geçme işinin kendisini daha hızlı yaşlandırdığını fark edince bir veliaht bırakmaya karar veriyor.
Burada devreye bizim Booker DeWitt giriyor. Bu Booker farklı bir evrende, vaftizi kabul etmeyen Booker. Evleniyor ve bir çocukları oluyor lakin eşi doğum sırasında ölünce kendi bakmak zorunda kalıyor Anna'ya. Yükselen kumar borcundan dolayı çıkış yolu aramaya başlıyor bizim ki. Comstock bu evrene gelerek Booker'a bir teklif sunuyor. Kızına karşılık tüm hesabı silinecek. Booker'da kabul ediyor bunu fakat son anda fikrini değiştiriyor. Anna tam portaldan geçerken portal kapanıp Anna'nın serçe parmağını koparıyor. Vücudunun bir parçası başka bir evrende olduğu için Anna böyle portal açma yeteneklerini kazanıyor sonucunda.
Comstock'un evrenine geliyoruz şimdi. Booker'ın gelip kızını almak isteyeceğini görüyor portallardan birinde. İnsanlarını False Shepherd gelecek diye uyarıyor (A.D. - Anna DeWitt). Bu sırada Anna'nın ismini Elizabeth yapıp sıkı sıkıya koruma altına alıyor. Siphonda Elizabeth'in tam gücünü kullanmasını sınırlandırmak için yapılıyor. Bu sırada Comstock'un eşi çocuğun nereden geldiğini merak ederek deli olmaya başlıyor. Lutece ile aralarında ilişki var sanarak. Comstock öldürmek durumunda kalıyor Lady Comstock'u. Suçuda Filtzoy üstüne atıyor (Vox Populi'nin lideri). Comstock zaman içinde bu Lutece'lardan da kıllanıyor akabinde öldürülmelerini istiyor. Suikast işlemi sırasında oluşan bir kaza ile Lutece'lar zaman arasında sıkışıp istedikleri yere gitme özelliğini kazanıyorlar.
Elizabeth'in kaderini gördükleri için bunun olmasını istemeyerek Booker'ı devreye sokuyor ikizler. Booker kayıp kızını bulma fırsatını kaçırmayarak kabul ediyor ne yazık ki evrenden evrene geçerken hafızasını kaybediyor, beyni yeni duruma uyum sağlamak için yeni hatıralar oluşturmaya başlıyor. Buda işte baştan beri olan görevimiz, kızı al borcunu temizle muhabbeti.
Oyundaki olaylar gerçekleşiyor. Bi ara Vox Populi'ya silah sağlamak için Çinli silahçının ölmediği başka bir evrene geçiyoruz. Fakat Çinli adam başka bir evrende öldüğünü bildiği için limboda sıkışmış halde duruyor (öldürdüğümüz çoğu adamın durumu böyle). Silahları taşımak için başka evrene geçiyoruz burda ise Vox Populi, Booker'a kahraman gözüyle bakıyor (Vox için ölmüş). Daisy Filtzoy, Booker'ı görüp taklitçi sanarak öldürülmesini istiyor ama en sonunda Elizabeth tarafından biçiliyor. Bir süre sonra Comstock'un evine gidiyoruz. Fakat yolda songbird saldırıyor ve Elizabeth'i götürüyor. Booker peşinden giderken sise giriyor ve ucunda Comstock'un evine geldiğinde karları görüyor. Aslında köprüden geçerken zaman ile gitmiş. Booker en sonunda çok yaşlı Elizabeth'i görüyor. Artık Comstock'a teslim etmiş kendisini. Ama Booker her seferinde denemiş kurtarmayı, her seferinde songbird tarafından durdurulmuş. Direk yaşlı Elizabeth'e gelerek songbirdle uğraşmamış oluyoruz bu sefer (Booker bunu bilmiyor başta). Yaşlı Eliza ben bittim gençler yaşasın diyerek genç Eliza için hazırladığı mektubu verip Booker'ı geri gönderiyor. Kızı kurtarıp siphonu yok ediyoruz. Elizabeth ile geziniyorlar sonda. Üstteki olayların çoğu bu kısımda ortaya çıkıyor. Birçok evren olduğu için ve elbet yeni bir Comstock gelip benzer şeylerin çoğunu yapabileceği için (sınırsız olasılıklar olduğundan bilemiyoruz) Elizabeth hacı bu işi kökünden halledelim diyor. En başta vaftiz olduğu yerde başka evrenlerden yardıma gelen Elizabeth'ler tarafından boğularak Comstock'u tüm evrenlerden silmiş oluyoruz. En sonda Elizabeth'lerde siliniyor haliyle.
Alıntıdır.