3d yazma işini hiç bilmiyorum fakat fikir yürütelim.
Blenderda modelledikten sonra export alarak mı (Fbx, Obj vs. gibi) basıyorsunuz ?
Eğer bu şekildeyse export etmeden önce boolean modifier'ları apply ediyor musunuz ?
Bana sanki modifier'lar apply edilmemiş veya export alırken sadece seçili meshi export almamışsınız gibi geldi.
Makinemde şu an Blender yüklü değil cevabınıza göre düşünürüz nasıl çözülür.
İkinci husus boolean kullanmadan delik açmanız mümkün Knife tool'la (K) meshin istediğiniz yüzeyini kesip extrude edebilirsiniz ama sağ elinizle sol kulağınızı göstermek gibi olur verimsiz bir yöntem bence.