Sisteme bir zararı olduğunu düşünmüyorum. Zaten teorik olarak da olamaz. Donanım sanallaştırma aynı anda birden fazla işletim sistemini sistemin çalıştırmasını sağlıyor. Bundan dolayı sanal işletim sistemi uygulamaları bunları senden mecbur istemek durumunda.
Edit: Üstte belirtmemişim ana sistem için olmasada kullanılan sanal işletim sisteminde performans artışı görülür çünkü işlemcinin yüzdelik olarak bir kısmını kendi kullanabilme imkanı vermiş olursun.