Güvenlik anlamında öncelikle sunucunun çok sağlam olması gerekiyor, bunun için genelde reseller ya da cloud hosting kullanmanı öneriyorum, çünkü backtrack, nessus, netsparker yazılım ve işletim sistemleri olsun, bu serverların üzerinde açık olan portların üstünde çalışan programların servislerini tarıyor. Örneğin serverda kurulu 3. parti bir yazılım varsa bu yazılımın açığının açık portlar üzerinde taratıp bulup exploit edebilir, birinci kural sunucu sağlam olacak.
Yazılımda PHP class mantığını kullan çok fazla her sayfada bağlantı kurma classı çağır ve siteyi göm, yani farklı farklı sayfalardan include et ki çok fazla kodlarını ön planda bulundurma.
Alan adını alırken SSL sertifakalı olmasına özen göster, çünkü bankalar SSL güvenilirliği olmazsa sanal pos vermezler.
E-ticaret sitesinde yer alması gereken birtakım metinler ve sözleşmeler vardır. Kullanıcıların üye olmalarına, satın almalarına dair bu sözleşmeler bankadan onay alabilmek için satış sitelerinde bulunmalarıdır.
Bankaya ticari sicil ile başvur onlar uygun görürlerse kodları veriyorlar, sen de kullanıyorsun. Onun dışında birkaç şey daha var ama uzun olur diye yazmadım. Şimdiden kolay gelsin.