OS X kurduğun HDD ayrı bir HDD'de ise Windows boot bundan etkilenmez. Kendimden örneklendireyim; İki SSD kullanıyorum. Birinde Win 10, diğerinde OS X yüklü. OS X kurulum yaptığım zaman Windows içinde herhangi bir ayar yapmıyorum. Burada mesele Clover Bootloader kurulumunu sistemine uygun bir şekilde özelleştirip kurulumunu yapmak.
OS X El Capitan RAW 10.11.4 Güncel Kurulum İmajı rehberi daha ayrıntılı bir şekilde güncelledim. Clover Bootloader kurulum ayarlarnı daha ayrıntılı anlattım. Bir incele istersen.