Veri kaybı riski yoktur. FAT32, eski ve Windows dışı işletim sistemlerinden daha fazlası ile uyumludur. Eski cihazlar(PC, TV, çeşitli oynatıcılar) da aynı şekilde NTFS desteği yokken FAT32 desteği içermektedir. Ancak FAT32 ile dosya boyutu sınırı vardır. Bu şekilde biçimlendirilen disk bölümü 4GB'dan büyük bir dosyayı kabul etmez. Tek parça halinde bu miktardan fazla bir dosya yüklenmesi gerekirse mecburen exFAT veya NTFS şeklinde biçimlendirilmesi gerekir. Aynı şekilde uyumsuz işletim sistemleri ve eski akıllı telefonlara OTG ile bağlandığında NTFS uyumsuz olacağı için FAT32'ye dönmek gerekebilir. Bunun kararını siz verin.
Çoğu durumda NTFS daha avantajlı. Güncel cihazlar ve Windows dışı işletim sistemlerinin hemen hepsi depolama aygıtlarında NTFS türünü destekliyor.