Flatpak paketleri normal paketlerden daha fazla alan kaplıyor. Sistemin kendi deposundan indirince daha az alan kaplar. Güvenlik açısından her ikisi de eşit sayılır ancak sistemin kendi depoları daha güvenlidir. Bir bakımcının elinden geçer çünkü.
Hız açısından da Snap-Flatpak gibi paketler uygulamaları daha yavaş açıyor. Ben test ettim. Kısacası istediğin paket dağıtımın kendi deposunda yoksa Flatpak kullan. Sistem sağlığı açısından daha iyidir.
Bir de oradaki paketler sürekli güncel ve stabil olamayabiliyor. Dağıtımın kendi deposu ise testlerden geçerek kullanıcıya sunulur ve daha stabil olur. Bu açıdan da keni deposunu kullanmak daha avantajlıdır.