İkisi aslında aynı şey değil, Flutter dediğiniz bir fraemworkdur ve Dart programlama dili üzerinde çalışır. Kotlin ise Google tarafından geliştirilmiş bir programlama dilidir. Kendimden örnek vereyim ben android programları yazmayı seviyorum ve android tarafı hoşuma gidiyor ilk başta kotlin öğrendim ve onunla devam ediyorum fakat kabul edilmesi gereken bir gerçek var Flutter'ın önü daha açık. Hem Web, hem Android hem İOS için yazılım çıkartıyor olmak ve bunun için daha az emek harcanması Flutter'ı bir adım öne çıkarıyor benim gözümde. Ondan dolayı size tavsiyem Dart öğrenip sonrasında Flutter fremawork'unu öğrenmenizdir.
Ek olarak Kotlin ile Java birbirine çok benzer, neredeyse hiç zorluk çekmezsiniz. Eğer yetiştirmeniz gereken bir proje varsa Kotlin ile yazabilirsiniz fakat gelecek için Flutter.