Evet format USB si oluşturduysan. Kurulum ekranında sadece SSD ye ait bölümleri sileceksin. Eğer kafan çok karışıyorsa direkt disklerin bağlantısını kesebilirsin.
Evet, format atarken atacağınız diski seçiyorsunuz. Boyutuna bakarak hangi diskin SSD olduğunu anlayabilirsiniz(eğer farklı ise). Eğer karıştıracağınızdan şüpheniz varsa HDD'leri format atmadan önce kasadan çıkarabilirsiniz.