Nacizane önerilerim:
1) klonlama yapabilirsiniz, bir zararı olmaz. CloneZilla ile kolayca HDD'yi SSD'ye aktarabilirsiniz.
2) Bağlanma sıraları önemli değildir. Önemli olan anakartın ikisini de doğru görmesi. Yazılımsal olarak hangisinin öncelikli olduğunu siz, Windows'u kurarken belirleyeceksiniz zaten.
3) Temiz kurulum olsun diyorsanız da;
A) SSD'ye yeni Windows kurmadan önce HDD'de Windows'a dair hiç bir şey kalmamalı, buna boot sector ve varsa EFI sector de dahil.
B) Yedek alacak ayrıca bir depolama alanınız yoksa ve dosyalarınızı yedeklemek isterseniz de, SSD'yi takmadan önce Yönetici'den disk küçültme yapıp mevcut HDD'nizde bos yer açın, sonra orada yeni bir birim oluşturun. Daha sonra SSD'yi takıp Windows kurarken de o bölüm hariç HDD'deki diğer bütün bölümleri silin.