Öncelikle hayırlı olsun. Disk klonlama işlemi biraz meşakkatli bir iş. Sen orada C ve D olarak görüyorsun ama arka planda 2 veya 3 tane daha Windows ile alakalı partition oluyor. Klonlama esnasında bunların da klonlanması gerekiyor.
Klonlama başlangıcında tüm partitionlar seçiliyken D diskinin tikini kaldır. Bu sayede sadece C'yi ve gerekli olan partitionları klonlarsın.
Klonlamadan sonra anakartın 2 adet boot edebileceği disk olduğundan BIOS ayarını yapman lazım.
Klonlamadan sonra Chrome verilerin silinmez. Chrome verilerin senin windows kullanıcının altında AppData\Local\Google\Chrome\User Data(emin değilim kontrol edersin) adresinde tutulur. Klonlamadan sonra aynı kullanıcı ile oturum açacağından bu verilerine bir şey olmaz.
Ama sana tavsiyem klonlama yapmadan temiz bir Windows kurulumu yapman. Her zaman %100 sağlıklı bir klonlama işlemi olmuyor(Ben Acronis ile klonlama yapıyordum, Recep Abi Macrium anlatmış, illaki farkı vardır). Zamanında haftada 8 bilgisayara SSD taktığım için illaki birinde mavi ekran hatası alıyoruz tarzında şikayetler alıyordum.
Eğer aklında sadece Chrome verilerin varsa tavsiyem 0 format atman(HDD'yi söküp belli ki yenisin işini garantiye al). SSD'ye Windows'u kurduktan sonra HDD'yi takıp Chrome verilerini kendi kullanıcına taşıyabilirsin. Sonra HDD'deki "C" diskini disk yöneticisinden kaldırıp D'ye dahil edersin.