Farklı sebepleri olabilir.
1-İllustratörde kullandığın renk profili ile pdf aktarırken kullandığın farklı olabilir.
2- Pdf dışarı aktarma seçenekleri farklıdır (illustrator default, PDF/X-3:2002 vs.) çalışmada rgb renk / resim kullanmadığından emin ol, cmyk dönüştürüleceği için ton farkları oluşabilir.
3- Renkleri tramlarla değil de transparan harmanlama modlarıyla oluşturuyorsan (turuncu üzerindeki çizgiler) pdf kaydetmeden önce birleştir (object+resterize).