Sorunun büyük ihtimalle Linux'un Boot yöneticisi olan GRUB'dan kaynaklandığını düşünyorum. Diske ilk olarak Linux kuruldu ise Linux, dosya sistemini kendi düzenine uygun belirlemiştir. Bu da eski tip MBR ise diskte üçüncü bir bölüm oluşturmada sorun olabilir. Zira MBR bölümlendirme tablosunda kısıtlamalar vardır. GPT olsa idi belki sorun yaşamazdınız.
Çözüm?
Kurulumda diskteki bütün bölümleri silip öyle kurmak. Daha sonra Linux vs. kurabilirsiniz.
Diski GPT'ye çevirmenin çözüm olacağını sanmıyorum zira anakartınız GPT diskten boot edemeyecektir büyük ihtimalle...