Windows disk'inizin dosya yapılandırması bozulmuş olabilir. Windows'u başlatıp disk birleştirmesi ile düzeltebilirsiniz. (Windows 10'da disk'i en iyi duruma getir oluyor o işlemin adı.)
Ben Windows'tan değil, dosyalama sisteminden söz ediyorum (NTFS) Dosyalar genelde parçalı kayıt edilir. Parçalanma fazla boyutta olduğu zaman böyle sorunlar olur.