Öncelikle HDD'yi çıkartıp dener misiniz bir? Çıkartınca büyük ihtimalle "disk 0" olacak. Diğer SATA portlarına takıp deneyin sürekli disk 0 olana kadar SSD'niz. SATA portu ile alakalı olabilir.
Sandığınız gibi önemsiz bir şey değil hocam. Eğer SSD'nin numarası 0 değil 1 olursa artık Windows işlemlerini SSD üzerinden değil HDD üzerinden yapmaya başlıyor. SSD'yi ikincil disk olarak görüyor. Bu yüzden yavaşlık söz konusu oluyor sistemde.