Sanırım klonlama sırasında Windows bir dosyaya kopyalama izni vermemiş, eğer isterseniz önyüklenebilir bir yazılım (Örneğin: Acronis True Image) ile tekrar deneyebilirsiniz.
Bilgisayarı eski SSD ile başlatmasının sebebi de muhtemelen BIOS klonlama yaptığınız yeni SSD ile bilgisayarı başlatamadı ve sıradaki sürücüyle bilgisayarı başlattı
Bu arada klonlama bittikten sonra yeni SSD ile başlatırken hata alabilirsiniz. Bu durumda Windows'un otomatik onarmasını bekleyin, eğer sonuç alamazsanız harici bir kurulum USB'si hazırlayıp "Başlangıç Onarma" yapın eğer yine olmazsa DİSKPART ile çözmeyi deneyin