Aslında filmi biraz daha detaylı düşündüğümüzde benim şahsi fikrim, Neo bir insan değil. O da bir program, bu yüzden zaten zararlı bir program haline dönüşmüş ajanlar gibi hareket edebiliyor. Yeteneklerini farklı şekillerde kullanabiliyor.
Neo'nun kafasına yapılan bağlantı ise bana göre sanki bir anti-virüs yazılımının sisteme kurulması gibi geliyor. Sisteme yüklenen antivirüs yani Neo, virüslere karşı savaşıyor. Virüsler yani ajanlar basit değil, çünkü onları sistemden gizleyen ve yokmuş gibi gösteren makineler var sanki rootkitler gibi. Diğer processleri kendilerine göre değiştiriyorlar, manipüle ediyorlar. Matrix'te yaşanan değişiklikler ise API hooking gibi, gerçekliğe müdahale.