MSI Afterburner ayarlar kısmında "İzleme" bölümü var oradan FPS seçeneğini bulup "OSD'de göster" yazan bölümün yanında bulunan 3 nokta kısmında çeşitli ayarlar var tam olarak kendim bulamadım ama biraz kurcalamanı öneririm.
Ayrıca işaretlediğin FPS sayacının Afterburner'a ait olduğuna emin misin?