Diski şifrelemişsiniz, kurulum yaparken "şifreleme" seçeneğini işaretlerseniz diski şifreler. Çoğu dağıtım kullanıcı şifrenizi diskin şifresi yapar. Ubuntu'nun kurulum yöneticisi kullanıcı şifresi yapıyor mesela, Debian'ınki ayrıca seçmenize izin veriyor. Şifrenizi klavye üzerinden girerseniz bilgisayarınız açılacaktır. Diskiniz şifreli olduğu için şifreyi bilmeyen açamaz yani güvenlik artışı sağlar ancak disk şifrelendiği için işlemci kullanımında artış ve bazı bilgisayarlarda disk okuma/yazma hızında azalma gözlemlenebilir.