Sen, 'Prototype' yani Alex Mercer'sin. Hafızasını kaybetmiş, inanılmaz şekil değiştirme yetisine sahip bir adam olarak seni yaratan bu komploya doğru giderken, bu durumun sorumlularının cezalarını vereceksin. Hızlı ve Ölümcül Şekil Değiştirerek Savaşma: Vücudunu duruma göre şekillendir.