Disk kaç yıllık? HDD sistemler mekanik sistemler olduğundan bozulmaya çok müsait (tıpkı bir sevgili gibi narin davranmak gerekiyor).
Eğer diskiniz eskiyse miladını doldurmaya iyice yaklaşmış demektir.
Eğer disk darbeye veya sallantıya maruz kaldıysa mekanik kol yanlış çalışmış olabilir ve HDD ömrünü kısaltmış olabilir.
Manyetik alandan etkilenmiş olabilir (mıknatıs mesela).
Windows güncellemesi sonrası bir hata oluşmuş olabilir.
Daha aklıma gelmeyen birçok sebep var...
Tavsiyem: Diskteki dosyalarınızı yeni bir diske alın, yeni bir disk edinin (bütçeniz el veriyorsa SSD alın) ve güncellemelere/virüslere dikkat edin.
Sorunuzun cevabına gelirsek; evet sisteme zarar verir bu zarar maddi ve manevi olarak size yansır (eğer sizin için gerçekten önemli dosyalar varsa manevi kısmı çok daha ağır olabilir). İyi forumlar dilerim.