Neo'nun gözleri kör olduğunda Smith'i görebilmesinin sebebi; güçlerinin gelişmesi değil, gerçek dünya sandıkları dünyanın da aslında matrix gibi bir yazılımdan ibaret olmasıdır ve Neo'nun bunu idrak etmesidir. Aynı şekilde ahtapotları da mermileri durduğu gibi elini kaldırarak durdurduğu sahnede de bu açıkça gösterilmiştir.
Anlayacağınız Zion'un bulunduğu dünya, yani morpheus ve arkadaşlarının gerçek dünya sandıkları yer Matrix'in bir parçasıdır.
Gerçek dünya sanılan yerin oluşturulmasının sebebi; ilk Matrix'in herkesi mutlu edecek şekilde dizayn edilmesi ve insanların büyük kısmının bunu kabul etmeyişiydi. Çünkü bu kusursuzluk insan doğasına aykırıydı, yok etmek savaşmak, mücadele etmek ve mutsuzluk da insan doğasının bir parçasıydı. Kusursuz matrix denemesi makinelerin mahsüllerinin yani insanların büyük bir kısmının yok olmasına sebep olmuştu. Bu yüzden herkesi mutlu edecek kusursuz bir dünya oluşturmak yerine, acıların savaşların olduğu ve sistemi kabullenemeyen insanları sistemden atmak yerine gerçek dünyaya ulaştıklarını ve makinelerle savaştıklarını simüle eden bir dünya oluşturdular ve sisteme uyum sağlamayan insanlara da bir amaç vererek sistemde kalmalarını sağladılar.
Ayrıca seçilmiş kişi olarak bahsedilen kişi, ajan smith'tir. Amacı da insanları yok etmek değil Matrix'i yok etmektir, yani smith sistemi yok edecek olan virüstür. Neo ise antivirüstür ve görevi Matrix'i korumaktır. Yani Matrix'i ajan Smith'ten temizlemekle görevlidir ki bunu yapar da.
Neo, Smith'i yok etmek karşılığında makinelerle anlamsız bir anlaşma yapar. Sistemden çıkmak isteyen her insanın çıkmasına izin vermelerini ister ve bu şartla makinelerle anlaşır.
İşin garibi, insanlar bir şekilde Matrix'ten çıkıp, yani gerçek dünya sandıkları yere zaten ulaşabiliyorlardı. Halihazırda insanların büyük kısmı Matrix'ten çıkmaya hazır değildi, hatta Matrix'ten çıkıp sisteme geri dönmek isteyen bir örnek bile var filmde.
Aslında mimarın Neo'ya sunduğu seçenekler, yani kapıların ikisi de aynı yere çıkıyordu. Neo eninde sonunda Smith'i yok edecek ve Matrix'i ve makineları kurtaracaktı.
Neo'nun değiştirdiği tek şey Zion'un sıfırlanmamış yani resetlenmemiş olmasıydı ki bu da insanların makinelerin kölesi ya da güç kaynağı olmaya davam edecekleri gerçeğini değiştirmiyordu. Bu anlaşmayla Matrix'in bir parçası olan Zion'da daha fazla insan bulunacaktı.
Birkaç ipucu daha ekleyeyim; ilk filmde smith Neo'yu vurarak öldürüyor. Trinity de özel bir teknikle Neo'yu öperek hayata geri döndürüyor (şaka tabii).Neo'yu hayata döndüren Trinity'nin öpücüğü değil, ajan Smith'i durdurmadan ölmemeye programlanmış olmasıdır. Son filmde ise Neo, Smith'i durdurmanın yolunun kendisini ele geçirmesine izin vermek olduğunu fark ediyor. Bu esnada da Smith'in daha önceki acı tecrübelerini anımsayarak dejavu yaşıyor ve bunu dile getiriyor "dur biraz bunu görmüştüm..."
Sözlerini bitiriyor ve kendini Neo'nun bedenine kopyalıyor. Hatta Neo'yu yok ettikten sonra o bile inanamıyor "yani bitti mi?" diyor ve ana makine Neo üzerinden Smith'e son darbeyi indiriyor ve savaş bitiyor. Ve mimarın da belirttiği gibi 6. Neo, görevini başarıyla yerine getirerek Smith'i ve kendini sistemden siliyor.
Ve sonuç olarak insansılaşmış makine smith, makineleşmiş insan Neo tarafından durdurularak Matrix'in devamlılığı sağlanıyor.