SQLite mantığını pek bilmiyorum ancak taşıdığı dosyalar fazla ve çok büyük veya çok küçük ise öyle yavaşlamalar oluyor. Ben de dosya taşırken oluyor, bir ara 240GB'lık bir veri taşımıştım ve diskim çok yüksek derece yavaşlamıştı. Disk fiziksel olarak zarar görmediyse normaldir diye düşünüyorum, ancak emin olmak isterseniz Hd Tune ile sağlık testi ve Crystal Disk Mark ile okuma - yazma testi yapabilirsiniz.