Atomda terminal kendiliğinden gelmiyor. Ayarlardan kuruluyor.
Ama gerek yok, proje klasörünüzde shift + sağ tık yapın, oradan powershelli açıp npm'yi kullanabilirsiniz.
Npm ne demek diyorsanız da, bir paket yöneticisi Node.js için. Python'un pip'i gibi. Paket indirmeye yarıyor.