Linux'da Windows dahil her şeyi silen bir komut yazmazsan ve kurulum esnasında yanlışlıkla Windows diskini silmezsen (silmezsin %99 kör olmaz falan lazım yanlışlıkla silmen için) bir şey olmaz.
Ayrıca Windows güncellemelerinin bazen Linux'un boot partitionunu bozduğunu görmüştüm olasılık ne kadar bilmiyorum.