Media Encoder'da sadece videonun bir kısmını kırpabilirsiniz diye biliyorum. Premiere'in içinde dahilli H.264 çıktı alma var zaten. Media Encoder'a gerek kalmadan çıktı alınabilir.
Eğer daha profesyonel bir şeyler yapmak istiyorsan ve bilgisayarının gücüne güveniyorsan After Effects. Yalnız kesme/biçme işleri Premiere'de daha pratiktir.