Pencerenin konumu aynı. Çözünürlükleri farklı. Sol üst noktası hep aynı farkındaysanız. Windows bunu sağlıyor. VLC de uyuyor. 1080p ekranda 1080p video pencere modundayken tam ekran yapılsa kaplayacağı yer kadar alan kaplıyor.
Ctrl + P yapıp arayüz görüntüye göre boyutlandırılsın (resize interface to window size) ayarını kapattığınızda düzelmeli.
İlginçtir ki bende düzelmedi. O yüzden çalıştıra %appdata%/vlc yazıp güzel bir klasör açtım. İçindeki vlcrc isimli dosyayı not defteri ile açıp #qt-video-autoresize=1 olan satırı #qt-video-autoresize=0 yaptım.