Virüs varsa bence temiz kurulum en iyisi olur, eğer virüs Windows'un Sıfırlama işlemini sağlayan dosyalarını etkilediyse sistem tekrardan virüs ile kurulabilir.
Neyse, istersen ilk önce D diskinin içerisini manuel olarak temizle, içinde bir şey kalmasın. Ondan sonra silinmesini istemediğin dosyaları oraya at. Sıfırlama işlemini yaparken ise C diskini sıfırla yap. D diskine dokunulmayacaktır.