Kurulum esnasında disk bölümü geldiğinde bütün bölümleri tek tek "sil" komutunu uygula. Disklerin "ayrılmamış alan" şeklinde kalacak. Windows'u nereye kurmak istiyorsan onu seç ve devam et. Bu şekilde tüm diskleri temizlemiş ve Windows'u istediğin yere kurmuş olacaksın.
edit: Şunu unutmuşum, diğer diskleri ayrılmamış alan olarak bırakırsan Windows başladığında Bilgisayarım'da gözükmeyecekler. Ara kısmına "sabit disk bölümleri oluştur ve biçimlendir" yazıp oradan o diskleri oluştur yapman gerek. Ya da kurulum ekranında oluştur fark etmez.