Large FAT32 ayarlamasının sebebi muhtemelen FAT32 formatı 32GB'dan fazla disk boyutuna sahip olamıyor, sizin USB'niz 64 GB olduğu için varsayılan olarak Large FAT32 seçmiş, 16GB'lık bir USB kullanılınca sadece FAT32 yazıyor o konuda da bir sıkıntı olmaz yani.
Evet yazdırın aralarında pek fark olmaz zaten, tam ne fark var bilmiyorum ama bir fark varsa da bu bilgisayara yüklenen Windows'u etkilemez. SSD'yi NTFS biçimlendiriyor zaten günümüzde FAT32 büyük diskler için yetersiz, birçok dosya kolayca tek başına 4GB limitini geçebilir çünkü.