Eğer işletim sistemi UEFI değilse CSM kapatıldığında Windows boot etmez, sizin dediğiniz sorun bu, Windows silinmez.
Çalıştıra msinfo32 yazıp BIOS moduna bakın, UEFI yazması gerekiyor, eski yazıyorsa CSM kapatamazsınız.
Ayrıca Secure Boot için ekran kartınızın da UEFI olması lazım, bazıları CSM kapatınca görüntü vermeyebiliyor.