Windows'ta kullanıdığın programlar zaten Linux'ta doğrudan çalışmayacak, aynı programların varsa Linux versiyonunu yükleyeceksin yoksa alternatiflerini bulacaksın yada Wine vb. programlar ile çalıştırmayı deneyeceksin. Windows ile Linux farklı yapılar.
Arkadaşların cevapladığı gibi; sorunun ucu biraz açık kalmış. Aynı diske kuracaksan birçok dağıtımda Windows'un yanına kur diye bir seçenek var, yapmaz isen programların değil tüm bilgiler gider,
Diğer cevaplarda olduğu gibi programlardan kastın Windows programlarını Linux'te çalıştırmak ise tüm programlar değil ama yardımcı programlar ile kısmen bazılarını çalıştırabilirsin.