Sorun çok yüzeysel. Buna doğrudan cevap vermek olmaz, verilemez.
Yazılım ama hangi yazılım? Ne türde bir yazılım? Hangi dilde yazılmış, hangi şekilde packlenmiş, hangi şekilde derlenmiş, hangi mimari kullanılmış? Kullanıcıdan veri alınmış mı yoksa alınmamış mı? Hangi fonksiyonlar ve kütüphaneler kullanılmış? Dışarıya bağlantı var mı yok mu? Varsa bağlanılan sunucu yeterince güvenli mi? Ne için yazılmış? Neden yazılmış? Algoritması nasıl? Program ne yapınca hata veriyor, ne yapınca düzgün çalışıyor? Bu ve bunun gibi soruları irdelemek gerekiyor.
Neye bakacaksan genelde inceleyip uygun şekilde bakman gerekiyor. Genellikle bu süreç manuel işler, otomatize araçlar pek işe yaramaz.
İnjector veya program vesaire ile olacak bir şey olsaydı zaten en başta programı yazan kişi kendi programında açık var mı diye bakardı.
Sen mümkün mertebe güvenli kod yazmaya çalış, gerisi için de uzman bir şirketten danışmanlık al.