Ben ayrı yapıyorum, ayrı yaparsan bence daha güzel olur.
public_html içerisinde sitenin dosyaları olur /admin içerisinde de panelin dosyaları.
Başka projelerde kullanmak için pratik olur en azından. Böyle bir amacın yoksa aynı proje içerisinde de yapabilirsin tabii.
/public_html
admin
css
js...